Un equipo militar de élite (SG-1) debe regresar a la Tierra cuando dos de los miembros de su equipo desaparecen misteriosamente. Vuelven a un mundo donde Stargate - una antigua puerta estelar que les transportaba a cientos de planetas - aún no ha sido descubiertas y sus vidas han sido borradas. Esta vez, deberán convencer a un gobierno y a todo un ejército de que el tiemo ha sido alterado por un potente enemigo alienígena (Ba al) para poder conquistar la Tierra mientras luchan contrarreloj.